日本共有东京、大阪、jasdaq、名古屋、福冈和札幌六家证券交易所，均为股份有限公司。其中，东京证券交易所（东证）、大阪证券交易所（大证）和名古屋证券交易所（名证）合称为“三市场”，占全国99％以上的成交量，而其余的三个地方证券交易所的成交量，占有率不到1％。目前日本共有3700多家上市公司，其中有60％左右的公司在东京证券交易所上市，有90％以上的股票在东京证券交易所交易。除jasdaq证券交易所（主要面向风险投资企业）外，各证券交易所中均设有不同的交易市场，如东京证券交易所内设第一部（主板） 、第二部（中小板）和创业板三个市场；大阪证券交易所内设第一部、第二部和海格力斯（hercules）三个市场。同一个公司的股票可以同时在不同的证券交易所上市，也可以随着市场的变化，调整其在同一个交易所上市的市场，如由第二部调整到第一部。
除在证券交易所交易以外，日本还存在店头交易，又称柜台交易市场（otc）。店头交易由各证券公司根据证券业协会的规则，进行上市公司或者非上市公司股票的买卖。除此之外，机构投资者的“一揽子”交易或者大股东出售股票，也可以店头交易的方式进行。
其发展历史为： 早在1963年，日本出现otc市场，当时，现行的适合于全国的otc市场登记制度开始生效。 1969年开始按市价公开订购股票，这成为往后新企业上市多年的增长提供了动力。
在20世纪70年代，店头交易另一重要的发展是通过发行股票和债券直接融资取代从银行借贷。
1983年至1985年政府特别为加强一级股市制定了许多重要法规，允许没有在交易所上市的中、小企业集资。同年组织了专为otc股票使用的正式注册经纪人系统。
自1989年，政府还允许注册的股份在股票、债券期货交易中用作信用保证。同年，三个otc市场中心——东京、大饭、名古屋合并成一个单一报价系统。
1992年，证券经纪人协会引入新的 jasdaq系统（日本证券经纪人自动报价系统），这是一个和美国 nasdaq相同的计算机交易系统。 otc市场目前的定位是为小企业发行者提供资金，为发行的股票提供公众投资的市场。有时，公司既可在东京证券交易所上市也可在otc上市，选择otc的原因是：（l）公司可以保留更多的股份；（2） 手续简便，要求不太 严格。
日本上市风险
与其他地方的券商不同，日本券商非常关注拟l市企业与日本的关系，比如，是否与日本有业务往来，是否有日本投资者，等等。从日本方面得到的答案是：第一，日本所有的证券交易所都有这个要求；第二，当地的投资者要求到日本上市的企业能够有日本的因素。满足这两个条件的企业，去日本更容易获得投资。这就意味着中国企业到日本上市一定要有日本因素在里面，否则到日本成功上市的困难还是比较大的。
首先，在日本上市的准备期太长，不适合创业企业。通常，在中国香港地区和纳斯达克上市一般花费的时间在六至十个月，而在日本上市则需要一年半到两年的时间。对创业企业来说，时间很重要。为了节省时间，为了尽快上市，应该考虑的是选择上市时间花费比较短的地方。
其次，上市成本很高。融资低于5000万美金的，在日本股市很难找到愿意帮忙的机构，即使有，成本也比较高，上市所需要的花费占融资的比重就会变大。比较而言，香港上市的融资规模最低在1000万美金左右，纳斯达克上市的第一次融资额度最低限度在五六千万美金，如果公司达到这一标准，就有券商和中介机构愿意帮它上市。
再次，日本审查严，券商有限。从上市的审查来看，在中国香港地区和纳斯达克上市，更强调信息的披露和公司自己的管理；而在日本上市，券商和会计师除了强调信息披露之外，还会强调公司内部的监管制度以及这个制度是否真正能够发挥作用。另外，日本的中介机构缺少中国公司在当地上市的经验。而且到日本上市要聘请很专业的人才，一般要求是熟悉日本的证券市场，会中文、日文、英文的人，这样才能与日本的中介机构、券商、投资者进行很好的交流。聘用这样的人才成本非常高。券商的数量和能力，也是个问题，所以大型的企业要完成在日本上市的过程，可能性也很小。
最后，签证等其他难题。去日本的签证并不是一件很容易的事情。到日本大使馆申请的签证很多都是一次性的，如稍微耽搁，就可能没法拿到签证。如果处于公司上市的关键时期，可能会出现因为拿不到签证而耽误上市计划的情况。
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